El claustrillo, obra del siglo XVII, es el centro a través del cual se organizan las dependencias del monasterio dedicadas a la vida en común: el refectorio, la sala de profundis, el capítulo de legos, la sala capitular de monjes y la iglesia. Gran parte de las series pictóricas que hoy están en estas dependencias comunes, se encontraban en su origen en el claustrillo.
El refectorio es una sencilla estancia con bóveda de crucería que nos recuerda la austeridad de los cartujos. En sus paredes hoy se conservan valiosas pinturas de Fray Juan Sánchez Cotán. La sala de Profundis era el lugar de oración de los monjes antes de la comida, mientras que la sala de Legos fue utilizada en su origen como iglesia, siendo hoy la parte más antigua del conjunto. En la sala capitular, que ya nos anuncia al renacimiento, se exponen cuadros de Vicente Carducho.
Refectorio
El Claustrillo
Sala de Profundis
Capítulo de legos
Capillas
Sala Capitular
