A finales de 1514 llegaron a Granada los primeros monjes procedentes de la castellana cartuja del Paular. Aquí encontraron el modelo conveniente para construir la nueva sede, y Don Gonzalo Fernández de Córdova, el Gran Capitán, quiso ser benefactor del nuevo monasterio. Finalmente se desvinculó del proyecto, y en 1516 se reiniciaron las obras con trazas de Fray Alonso de Ledesma, que durarían tres siglos.
A la unidad del proyecto se une la diversidad de estilos. No se llegó a acabar el proyecto inicial, del que sólo se conserva parte, porque en 1842 fue destruido el claustro y las celdas de los monjes. El monasterio estuvo habitado hasta el año 1835. Hoy en día está considerado Bien de Interés Cultural y Monumento histórico-artístico.
